РН фекалий обычно нейтральный или слабощелочной (6, 8 - 7, 5). Более кислый стул, физиологический только у новорожденного, может указывать на кишечные инфекции (Escherichia coli, ротавирус) или расстройства пищеварения, такие как непереносимость лактозы или жира (стеаторея из-за недостаточности поджелудочной железы или желчного стаза).

На рН фекалий влияют диетические привычки субъекта; например, чрезмерно богатая диета из мяса и молочных продуктов делает стул более щелочным. Гнилостная кишечная бактериальная флора, в действительности, разрушает аминокислоты, которые избежали абсорбции, генерируя токсичные и неприятные амины; следовательно, pH фекалий имеет тенденцию увеличиваться в результате увеличенного производства аммиака. Поэтому не случайно, что слишком щелочной рН фекалий, сопровождающийся снижением жирных кислот с короткой цепью (см. Бутират), был связан с повышенным риском развития колоректального рака.

Если рН фекалий имеет тенденцию к увеличению при наличии гнилостного дисбиоза, он имеет тенденцию снижаться при наличии ферментативного дисбиоза, причины которого можно найти в чрезмерном проглатывании углеводов или в плохом всасывании его (целиакия), Даже при наличии обильного потребления липидов, при вегетарианской диете и длительном голодании рН фекалий становится кислотным.

Во избежание искажения результатов исследования, фекалии не должны быть загрязнены мочой и должны быть быстро охлаждены, чтобы предотвратить образование щелочного рН фекалий в аммиаке и гнилостных бактериях.