РН фекалий обычно нейтральный или слабощелочной (6, 8 - 7, 5). Более кислый стул, физиологический только у новорожденного, может указывать на кишечные инфекции (Escherichia coli, ротавирус) или расстройства пищеварения, такие как непереносимость лактозы или жира (стеаторея из-за недостаточности поджелудочной железы или желчного стаза).
Если рН фекалий имеет тенденцию к увеличению при наличии гнилостного дисбиоза, он имеет тенденцию снижаться при наличии ферментативного дисбиоза, причины которого можно найти в чрезмерном проглатывании углеводов или в плохом всасывании его (целиакия), Даже при наличии обильного потребления липидов, при вегетарианской диете и длительном голодании рН фекалий становится кислотным.
Во избежание искажения результатов исследования, фекалии не должны быть загрязнены мочой и должны быть быстро охлаждены, чтобы предотвратить образование щелочного рН фекалий в аммиаке и гнилостных бактериях.