В настоящее время вакцина или препарат для профилактики африканского трипаносомоза отсутствуют. Поэтому профилактические меры направлены на минимизацию контакта с мухой цеце.
Во-первых, следует избегать зараженных областей. Муха цеце менее активна в самые жаркие часы дня, но может раздражать, если раздражает. Следует помнить, что это насекомое привлекает движущиеся объекты ярких или темных цветов; он также может жалиться с легкой одеждой. Поэтому рекомендуется носить рубашки и брюки, которые максимально закрывают конечности; в частности, предпочтительны одежда из прочного материала и нейтральных цветов, которые гармонируют с окружающей средой. Нанесение репеллентов на одежду также может быть полезным. Рои мух це-цзе могут следовать за движущимися транспортными средствами, поэтому предпочтительно закрывать окна автомобиля, чтобы они не могли проникнуть в кабину.
Борьба с переносчиками насекомых может проводиться на уровне окружающей среды с разрушением мест обитания для размножения, использованием инсектицидов и ловушек (лучше, если пропитано перметрином) в местах укрытия для мух це-цзе (куст саванны) и растительность вдоль водотоков) и лечение паразитированных субъектов (источник инфекции для носителей).
